МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРЕДПОЛИМЕРИЗАЦИОННОГО КОМПЛЕКСА ПОЛИМЕРОВ С МОЛЕКУЛЯРНЫМИ ОТПЕЧАТКАМИ ТРИ-О-АЦЕТИЛАДЕНОЗИНА
Аннотация
Рассматривается применение метода компьютерного моделирования QM/MM, совмещающе-го квантово-механический и молекулярно-механический подходы для моделирования предполимериза-ционных комплексов молекулы-темплата и мономеров и дальнейшего in-silica исследования биомоле-кулярных свойств полимеров с молекулярными отпечатками, что позволяет оценить их эффектив-ность и оптимизировать процесс получения и использования при различных условиях. Проводятся моделирование изолированных предполимеризационных комплексов темплата три-о-ацети-ладенозина с различным числом мономеров акриламида, метакриловой и мета-винил-бензойной ки-слот, а также сравнение результатов расчетов методом QM/MM и методом самосогласованного поля с точки зрения компьютерных затрат и параллелизации вычислений.
Об авторах
В. В. Баркалин
Белорусский национальный технический университет
Россия
Россия
Я. В. Долгая
Белорусский национальный технический университет
Россия
Россия
О. А. Козлова
Белорусский государственный университет информатики и радиоэлектроники
Россия
Россия
Список литературы
1. Farrington, K. Predicting the performance of molecularly imprinted polymers: Selective extraction of cafeine by molecularly imprinted solid phase extraction / K. Farrington, E. Magner, F. Regan // Analytica Chimica Acta. – 2006. – Vol. 566. – P. 60–68.
2. Jurema, M.W. Ability of the PM3 Quantum-Mechanical Method to Model Intermolecular Hydrogen Bonding between Neutral Moleculs / M.W. Jurema, G.C. Shields // Journal of Computational Chemistry. – 1993. – Vol. 14, № 1. – P. 89–104.
3. Lakka, A. Fabrication and characterization of tri-oacetiladenosine imprinted polymers for screening and isolation of protein kinase inhibitors / A. Lakka // Biomaterials and bionanomaterial, may 2-9 2010. – Iraklion, Crete: Greece Book of Abstract, 2010. – P. 28.
4. NWChem user support [Electronic resource]. – Mode of access : http://www.nwchemsw. org/index.php/QMMM_Parameters. – Date of access: 01.06.2012.
5. Бурштейн, К.Я. Квантово-механические расчеты в органической химии и молекулярной спектроскопии / К.Я. Бурштейн, П.П. Шорыгин. – М. : Наука, 1989. – 98 с.
6. Senn, H.M. QM/MM Methods for Biomolecular Systems / H.M. Senn, W. Thiel //Angew. Chem. Int. Ed. – 2009. – Vol. 48. – P. 1198–1229.
7. Lakka, A. Application of molecularly imprinted polymers (MIP) in drug discovery inhibitors / A. Lakka, A. Tsakalof // Biomaterials and bionanomaterial, may 2-9 2010. – Iraklion, Crete, Greece Book of Abstract., 2010. – P. 28.
Рецензия
Для цитирования:
Баркалин В.В., Долгая Я.В., Козлова О.А. МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРЕДПОЛИМЕРИЗАЦИОННОГО КОМПЛЕКСА ПОЛИМЕРОВ С МОЛЕКУЛЯРНЫМИ ОТПЕЧАТКАМИ ТРИ-О-АЦЕТИЛАДЕНОЗИНА. Информатика. 2013;(1):26-35.
For citation:
Barkaline V.V., Douhaya Y.V., Kozlova O.A. QM/MM MODELING OF TAA IMPRINTED POLYMERS PRE-POLYMERIZATION COMPLEX. Informatics. 2013;(1):26-35. (In Russ.)
Просмотров: 990
Послать статью по эл. почте 