Preview

Информатика

Расширенный поиск

АЛГОРИТМЫ АНАЛИЗА МУТАЦИЙ В ПЕРВИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ БЕЛКОВ ВИЧ-1 СУБТИПА А

Полный текст:

Аннотация

Одной из проблем терапии вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) является его высокая мутагенность. Появление мутаций в определенных участках генома вируса может стать причиной выработки его устойчивости к антиретровирусным препаратам, применяемым в ходе лечения. Поэтому при выборе схемы терапии необходимо знать, какие из мутаций ведут к резистентности и как они связаны друг с другом. Предлагаемый подход к анализу первичных последовательностей белков ВИЧ позволяет оценить, насколько выявленные мутации связаны с применением конкретных лекарственных препаратов, а также определить взаимозависимые мутации. Одновременно с этим излагается опыт его практической реализации и результаты применения к анализу последовательностей от ВИЧ-инфицированных пациентов из Беларуси.

Об авторах

Р. С. Сергеев
Белорусский государственный университет
Беларусь


А. В. Тузиков
Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси
Беларусь


В. Ф. Еремин
РНПЦ эпидемиологии и микробиологии МЗ Беларуси
Беларусь


Список литературы

1. HIV-1 Protease and Reverse Transcriptase Mutations: Correlations with Antiretroviral Therapy in Subtype B Isolates and Implications for Drug-Resistance Surveillance / S.-Y. Rhee,

2. W.J. Fessel, A.R. Zolopa [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. – 2005. – № 192. – P. 456–465.

3. HIV-1 protease and reverse transcriptase mutations for drug resistance surveillance /

4. R.W. Shafer [et al.] // AIDS – 2007. – № 21 (2). – P. 215–223.

5. Antiretroviral Drug Resistance Testing in Adult HIV-1 Infection: 2008 Recommendations of an International AIDS Society–USA Panel / M.S. Hirsch, H.F. Gunthard, J.M. Schapiro [et al.] // HIV/AIDS CID – 2008. – № 47. – P. 266-285.

6. Celera ViroSeq HIV-1 Genotyping System [Electronic resource]. – 1998–2011. – Mode of

7. access : https://www.celera.com/cdx/ViroSeq. – Date of access :

8. Stanford University HIV Drug Resistance Database [Electronic resource]. – 1998–2011. –

9. Mode of access : http://hivdb.stanford.edu/. – Date of access :

10. Los Alamos HIV Database [Electronic resource]. – 2005–2011. – Mode of access :

11. http://www.hiv.lanl.gov/content/. – Date of access :

12. International AIDS Society [Electronic resource]. – 2001–2011. – Mode of access :

13. http://www.iasociety.org/. – Date of access : 8. Аптон, Г. Анализ таблиц сопряженности / Г. Аптон. – М. : Финансы и статистика, 1982. – 143 с.

14. Agresti, A. A Survey of Exact Inference for Contingency Tables / A.Agresti // Statistical Science. – 1992. – № 7 (1). – P. 131–153.

15. Storey, D.J. Statistical significance for genomewide studies / D.J. Storey, R.Tibshirani //

16. PNAS 100. – 2003. – № 16. – P. 9440–9445.

17. Felsenstein, J. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach / J.Felsenstein // Mol. Evol. – 1981. – № 17. – P. 368–376.

18. Лукашов, В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ / В. В. Лукашов. – М. : Бином, 2009. – 256 с.

19. Correlated Mutations and Residue Contacts in Proteins / U. Gobel [et al] // Proteins: Structure, Functions and Genetics. – 1994. – № 18. – P. 309–317.

20. Pollock, D.D. Coevolving Protein Residues: Maximum Likelihood Identification and Relationship to Structure / D.D. Pollock, W.R. Taylor, N. Goldman // J. Mol. Biol. – 1999. – № 287. – P. 187–198.

21. Parallel CLUSTAL-W for PC Clusters / J. Cheetham [et al.] // LNCS. – 2003. – № 2668. –

22. P. 300–309.

23. Stamatakis, A. RAxML-VI-HPC: Maximum Likelihood-based Phylogenetic Analyses with

24. Thousands of Taxa and Mixed Models / A. Stamatakis // Bioinformatics. – 2006. – № 22 (21). – P. 2688–2690.

25. Edwards, R.J. Gapped Ancestral Sequence Prediction for proteins. [Electronic resource]. – 2004. – Mode of access : http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/123. – Date of access : 02.04.2011.

26. Mutation Patterns and Structural Correlates in HIV-1 Protease Following Varying Degrees of Protease Inhibitor Treatment. Journal of Virology / T.D. Wu [et al]. – 2003. – № 77 (8). – P. 4836–4847.


Для цитирования:


Сергеев Р.С., Тузиков А.В., Еремин В.Ф. АЛГОРИТМЫ АНАЛИЗА МУТАЦИЙ В ПЕРВИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ БЕЛКОВ ВИЧ-1 СУБТИПА А. Информатика. 2011;(3(31)):88-97.

For citation:


., ., . . Informatics. 2011;(3(31)):88-97. (In Russ.)

Просмотров: 81


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1816-0301 (Print)
ISSN 2617-6963 (Online)