informИнформатикаInformatics1816-03012617-6963UIIP NASBinform-356Research ArticleИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫЕ СИСТЕМЫINTELLIGENT SYSTEMSАЛГОРИТМЫ АНАЛИЗА МУТАЦИЙ В ПЕРВИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ БЕЛКОВ ВИЧ-1 СУБТИПА АСергеевР. С.ТузиковА. В.ЕреминВ. Ф.Белорусский государственный университетBelarusОбъединенный институт проблем информатики НАН БеларусиBelarusРНПЦ эпидемиологии и микробиологии МЗ БеларусиBelarus20111904201803(31)8897Copyright © Сергеев Р.С., Тузиков А.В., Еремин В.Ф., 20182018Сергеев Р.С., Тузиков А.В., Еремин В.Ф.Сергеев Р.С., Тузиков А.В., Еремин В.Ф.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://inf.grid.by/jour/article/view/356

Одной из проблем терапии вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) является его высокая мутагенность. Появление мутаций в определенных участках генома вируса может стать причиной выработки его устойчивости к антиретровирусным препаратам, применяемым в ходе лечения. Поэтому при выборе схемы терапии необходимо знать, какие из мутаций ведут к резистентности и как они связаны друг с другом. Предлагаемый подход к анализу первичных последовательностей белков ВИЧ позволяет оценить, насколько выявленные мутации связаны с применением конкретных лекарственных препаратов, а также определить взаимозависимые мутации. Одновременно с этим излагается опыт его практической реализации и результаты применения к анализу последовательностей от ВИЧ-инфицированных пациентов из Беларуси.

ReferencesHIV-1 Protease and Reverse Transcriptase Mutations: Correlations with Antiretroviral Therapy in Subtype B Isolates and Implications for Drug-Resistance Surveillance / S.-Y. Rhee,HIV-1 Protease and Reverse Transcriptase Mutations: Correlations with Antiretroviral Therapy in Subtype B Isolates and Implications for Drug-Resistance Surveillance / S.-Y. Rhee,W.J. Fessel, A.R. Zolopa [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. – 2005. – № 192. – P. 456–465.W.J. Fessel, A.R. Zolopa [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. – 2005. – № 192. – P. 456–465.HIV-1 protease and reverse transcriptase mutations for drug resistance surveillance /HIV-1 protease and reverse transcriptase mutations for drug resistance surveillance /R.W. Shafer [et al.] // AIDS – 2007. – № 21 (2). – P. 215–223.R.W. Shafer [et al.] // AIDS – 2007. – № 21 (2). – P. 215–223.Antiretroviral Drug Resistance Testing in Adult HIV-1 Infection: 2008 Recommendations of an International AIDS Society–USA Panel / M.S. Hirsch, H.F. Gunthard, J.M. Schapiro [et al.] // HIV/AIDS CID – 2008. – № 47. – P. 266-285.Antiretroviral Drug Resistance Testing in Adult HIV-1 Infection: 2008 Recommendations of an International AIDS Society–USA Panel / M.S. Hirsch, H.F. Gunthard, J.M. Schapiro [et al.] // HIV/AIDS CID – 2008. – № 47. – P. 266-285.Celera ViroSeq HIV-1 Genotyping System [Electronic resource]. – 1998–2011. – Mode ofCelera ViroSeq HIV-1 Genotyping System [Electronic resource]. – 1998–2011. – Mode ofaccess : https://www.celera.com/cdx/ViroSeq. – Date of access :access : https://www.celera.com/cdx/ViroSeq. – Date of access :Stanford University HIV Drug Resistance Database [Electronic resource]. – 1998–2011. –Stanford University HIV Drug Resistance Database [Electronic resource]. – 1998–2011. –Mode of access : http://hivdb.stanford.edu/. – Date of access :Mode of access : http://hivdb.stanford.edu/. – Date of access :Los Alamos HIV Database [Electronic resource]. – 2005–2011. – Mode of access :Los Alamos HIV Database [Electronic resource]. – 2005–2011. – Mode of access :http://www.hiv.lanl.gov/content/. – Date of access :http://www.hiv.lanl.gov/content/. – Date of access :International AIDS Society [Electronic resource]. – 2001–2011. – Mode of access :International AIDS Society [Electronic resource]. – 2001–2011. – Mode of access :http://www.iasociety.org/. – Date of access : 8. Аптон, Г. Анализ таблиц сопряженности / Г. Аптон. – М. : Финансы и статистика, 1982. – 143 с.http://www.iasociety.org/. – Date of access : 8. Аптон, Г. Анализ таблиц сопряженности / Г. Аптон. – М. : Финансы и статистика, 1982. – 143 с.Agresti, A. A Survey of Exact Inference for Contingency Tables / A.Agresti // Statistical Science. – 1992. – № 7 (1). – P. 131–153.Agresti, A. A Survey of Exact Inference for Contingency Tables / A.Agresti // Statistical Science. – 1992. – № 7 (1). – P. 131–153.Storey, D.J. Statistical significance for genomewide studies / D.J. Storey, R.Tibshirani //Storey, D.J. Statistical significance for genomewide studies / D.J. Storey, R.Tibshirani //PNAS 100. – 2003. – № 16. – P. 9440–9445.PNAS 100. – 2003. – № 16. – P. 9440–9445.Felsenstein, J. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach / J.Felsenstein // Mol. Evol. – 1981. – № 17. – P. 368–376.Felsenstein, J. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach / J.Felsenstein // Mol. Evol. – 1981. – № 17. – P. 368–376.Лукашов, В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ / В. В. Лукашов. – М. : Бином, 2009. – 256 с.Лукашов, В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ / В. В. Лукашов. – М. : Бином, 2009. – 256 с.Correlated Mutations and Residue Contacts in Proteins / U. Gobel [et al] // Proteins: Structure, Functions and Genetics. – 1994. – № 18. – P. 309–317.Correlated Mutations and Residue Contacts in Proteins / U. Gobel [et al] // Proteins: Structure, Functions and Genetics. – 1994. – № 18. – P. 309–317.Pollock, D.D. Coevolving Protein Residues: Maximum Likelihood Identification and Relationship to Structure / D.D. Pollock, W.R. Taylor, N. Goldman // J. Mol. Biol. – 1999. – № 287. – P. 187–198.Pollock, D.D. Coevolving Protein Residues: Maximum Likelihood Identification and Relationship to Structure / D.D. Pollock, W.R. Taylor, N. Goldman // J. Mol. Biol. – 1999. – № 287. – P. 187–198.Parallel CLUSTAL-W for PC Clusters / J. Cheetham [et al.] // LNCS. – 2003. – № 2668. –Parallel CLUSTAL-W for PC Clusters / J. Cheetham [et al.] // LNCS. – 2003. – № 2668. –P. 300–309.P. 300–309.Stamatakis, A. RAxML-VI-HPC: Maximum Likelihood-based Phylogenetic Analyses withStamatakis, A. RAxML-VI-HPC: Maximum Likelihood-based Phylogenetic Analyses withThousands of Taxa and Mixed Models / A. Stamatakis // Bioinformatics. – 2006. – № 22 (21). – P. 2688–2690.Thousands of Taxa and Mixed Models / A. Stamatakis // Bioinformatics. – 2006. – № 22 (21). – P. 2688–2690.Edwards, R.J. Gapped Ancestral Sequence Prediction for proteins. [Electronic resource]. – 2004. – Mode of access : http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/123. – Date of access : 02.04.2011.Edwards, R.J. Gapped Ancestral Sequence Prediction for proteins. [Electronic resource]. – 2004. – Mode of access : http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/123. – Date of access : 02.04.2011.Mutation Patterns and Structural Correlates in HIV-1 Protease Following Varying Degrees of Protease Inhibitor Treatment. Journal of Virology / T.D. Wu [et al]. – 2003. – № 77 (8). – P. 4836–4847.Mutation Patterns and Structural Correlates in HIV-1 Protease Following Varying Degrees of Protease Inhibitor Treatment. Journal of Virology / T.D. Wu [et al]. – 2003. – № 77 (8). – P. 4836–4847.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.