Preview

Информатика

Расширенный поиск

АЛГОРИТМЫ ПОИСКА МУТАЦИЙ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ В ГЕНОМАХ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА

Полный текст:

Аннотация

Предлагается методология полногеномного поиска ассоциаций на примере геномов возбудителей туберкулеза, а также исследуются различные алгоритмы и подходы к оценке вклада мутаций в возникновение и развитие лекарственной устойчивости. Приводятся результаты экспериментов по поиску мутаций лекарственной устойчивости к основным противотуберкулезным препаратам на основании данных о пациентах из Беларуси.

Об авторах

Р. С. Сергеев
Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси
Беларусь


И. С. Ковалев
EPAM Systems
Беларусь


А. В. Тузиков
Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси
Беларусь


А. Розенталь
Office of Cyber Infrastructure and Computational Biology, National Institute of Allergy and Infectious Diseases
Соединённые Штаты Америки


А. Габриэлян
Office of Cyber Infrastructure and Computational Biology, National Institute of Allergy and Infectious Diseases
Соединённые Штаты Америки


Список литературы

1. Borrell, S. Infectiousness, reproductive fitness and evolution of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis / S. Borrell, S. Gagneux // Intern. J. Tuberc. Lung Dis. – 2009. – № 13(12). – P. 1456–1466.

2. Patterson, N. Population structure and eigenanalysis / N. Patterson, A. L. Price, D. Reich // PLoS Genet. – 2006. – № 2(12). – P. 2074–2093.

3. Mantel, N. Statistical aspects of the analysis of data from retrospective studies of disease / N. Mantel, W. Haenszel // J. National Cancer Inst. – 1959. – № 22(4). – P. 719–748.

4. Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies / A.L. Price [et al.] // Nat. Genet. – 2006. – № 38(8). – P. 904–909.

5. Agresti, A. An introduction to categorical data analysis / A. Agresti. – Wiley, 2002. – Ch. 6. – P. 231–236.

6. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses / S. Purcell [et al.] // Am. J. Hum. Genet. – 2007. – № 81(3). – P. 559–575.

7. Bush, W.S. Genome-wide association studies / W.S. Bush, J.H. Moore // PLoS. Comput. Biol. – 2012. – № 8(12). – P. 1–11.

8. Holm, S. A simple sequentially rejective Bonferroni test procedure testing / S. Holm // Scandinavian Journal of Statistics. – 1979. – № 6. – P. 65–70.

9. Benjamini, Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing / Y. Benjamini, Y. Hochberg // Journal of the Royal Statistical Society. – 1995. – № 57. – P. 289–300.

10. Ng, A.Y. Feature selection, L1 vs. L2 regularization, and rotational invariance / A.Y. Ng // Proc. of the 21st Intern. Conf. on Machine Learning. – Ban, Canada, 2004.

11. Friedman, J. Regularization paths for generalized linear models via coordinate descent / J. Friedman, T. Hastie, R. Tibshirani // Journal of Statistical Software. – 2010. – № 33(1). – P. 1–22.

12. Henderson, C.R. Sire evaluation and genetic trends / C.R. Henderson // Proc. Anim. Breeding and Genetic Symp. in honor of Dr. J.L. Lush. – Champaign, 1973. – P. 10–41.

13. Zhou, X. Genome-wide efficient mixed-model analysis for association studies / X. Zhou, M. Stephens // Nature Genetics. – 2012. – № 44(7). – P. 821–824.

14. Dobra, A. The Mode oriented stochastic search (MOSS) for log-linear models with conjugate priors / A. Dobra, H. Massam // Statistical Methodology. – 2010. – № 7. – P. 240–253.

15. Applications of the mode oriented stochastic search (MOSS) algorithm for discrete multiway data to genomewide studies / A. Dobra [et al.] // Bayesian Modeling in Bioinformatics. – CRC Press, 2010. – Ch. 3. – P. 63–94.

16. Kolmogorov, V. What energy functions can be minimized via graph cuts? / V. Kolmogorov, R. Zabih // IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. – 2004. – № 26(2). – P. 147–159.

17. Tuberculosis drug resistance mutation database / A. Sandgren [et al.] // PLoS Med. – 2009. – № 6(2). – P. 132–136.

18. GenoType MTBDRplus – your test system for a fast and reliable way to detect MDR-TB // Hain Lifesciences [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : http://www.hain- lifescience.de/ en/products/microbiology/mycobacteria/genotype-mtbdrplus.html. – Date of access : 10.05.2015.

19. GenoType MTBDRsl – your important assistance for detection of XDR-TB // Hain Lifesciences [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : http://www.hain- lifescience.de/en/products/ microbiology/mycobacteria/genotype-mtbdrsl.html. – Date of access : 10.05.2015.

20. Devlin, B. Genomic control for association studies / B. Devlin, K. Roeder // Biometrics. – 1999. – № 55. – P. 997–1004.


Для цитирования:


Сергеев Р.С., Ковалев И.С., Тузиков А.В., Розенталь А., Габриэлян А. АЛГОРИТМЫ ПОИСКА МУТАЦИЙ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ В ГЕНОМАХ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА. Информатика. 2016;(1):75-91.

For citation:


Sergeev R.S., Kavaliou I.S., Tuzikov A.V., Rosenthal A., Gabrielian A. ALGORITHMS FOR IDENTIFYING DRUG-RESISTANCE MUTATIONS IN M. TUBERCULOSIS GENOMES. Informatics. 2016;(1):75-91. (In Russ.)

Просмотров: 281


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1816-0301 (Print)
ISSN 2617-6963 (Online)