МЕТОД ПОСТРОЕНИЯ КЛАСТЕРОВ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ДАННЫХ
Аннотация
Предлагается метод построения кластеров (функциональных модулей) генетических данных, основанный на использовании рандомизированных матриц. Для построения кластеров выполняется выделение и анализ главных компонент матрицы корреляций генных профилей. В качестве конечных выбираются главные компоненты, которые соответствуют собственным значениям, значимо отличающимся от полученных при анализе случайным образом сгенерированной корреляционной матрицы (рандомизированной). В сравнительном вычислительном эксперименте с аналогами метод показал свое преимущество в возможности выделять статистически значимые кластеры малых и больших размеров, способности отфильтровывать неинформативные признаки, а также получать биологически интерпретируемые функциональные модули, адекватные реальной структуре данных.
Об авторах
Н. А. Новоселова
Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси
Беларусь
Беларусь
И. Э. Том
Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси
Беларусь
Беларусь
Список литературы
1. Liang, S. REVEAL, a general reverse engineering algorithm for inference of genetic network architectures / S. Liang, S. Fuhrman, R. Somogyi // Pacific Symp. on Biocomputing (PSB’98). – Hawaii, 1998. – Vol. 3. – P. 18–29.
2. Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns / M.B. Eisen [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. – 1998. – Vol. 95. – P. 14863–14868.
3. Analysis of gene expression data using self-organizing maps / P. Toronen [et al.] // FEBS Letters. – 1999. – Vol. 451. – P. 142–146.
4. The R Project for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing [Electronic resource]. – 2009. – Mode of access : http://www.R-project.org. – Date of access : 10.09.2015.
5. Bioconductor case studies / F. Hahne [et al.]. – Springer Science & Business Media, 2010. – 296 p.
6. Cluster – Cluster analysis and visualization software [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm. – Date of access : 19.08.2015.
7. Cyber-T – microarray analysis web interface from UCI’s Institute for Genomics and Bioinformatics [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : http://cybert.microarray.ics.uci.edu. – Date of access : 16.09.2015.
8. SNOMAD – Standardization and normalization of microarray data [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : http://pevsnerlab.kennedykrieger.org/snomadinput.html. – Date of access : 12.09.2015.
9. Yeast cell cycle analysis project [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : http://genome-www.stanford.edu/cellcycle. – Date of access : 10.04.2015.
10. Varimax – rotation methods for factor analysis [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/varimax.html. – Date of access : 17.09.2015.
11. Morey, L.C. The measurement of classification agreement: an adjustment to the rand statistic for chance agreement / L.C. Morey, A. Agresti // Educational and Psychological Measurement. – 1984. – Vol. 44. – P. 33–37.
12. Chipman, H. Hybrid hierarchical clustering with applications to microarray data / H. Chipman, R. Tibshirani // Biostatistics. – 2006. – Vol. 7, № 2. – P. 286–301.
13. YeastMine: saccharomyces genome database [Electronic resource]. – 2015. – Mode of access : http://yeastmine.yeastgenome.org/yeastmine/begin.do. – Date of access : 06.09.2015.
Рецензия
Для цитирования:
Новоселова Н.А., Том И.Э. МЕТОД ПОСТРОЕНИЯ КЛАСТЕРОВ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ДАННЫХ. Информатика. 2016;(1):64-74.
For citation:
Novoselova N.A., Tom I.E. METHOD OF CONSTRUCTION OF GENETIC DATA CLUSTERS. Informatics. 2016;(1):64-74. (In Russ.)
Просмотров: 807
Послать статью по эл. почте 